2つの母集団の差を検定するときのことを考えてみます。このとき、ｐ値が小さければ小さいほど、母集団の平均値の差が大きいと言えるのでしょうか。
場合によっては、そうなることもありますが、ｐ値が小さければ、平均値の差が大きくなるとは言うべきではないでしょう。
ｐ値はそういった意味でつかうものではないからです。
ｐ値の大きい小さいを左右するものには、2つの母集団の平均値の差に加えて、標準偏差や標本サイズがあります。標準偏差が小さく、標本サイズが大きいほうが、p値は小さくなります。
また、平均値の差が大きいほうが、たしかに小さいp値が得やすいです。（標準偏差と標本サイズが変わらなければ、p値が小さくなるほど、平均値の差は大きいともいえます。）
しかし、p値は2つの母集団の差が大きいことを示す指標ではありません。ｐ値は、2つの母集団の平均値に有意な差があるかを判断する境界線の％です。
2つの母集団の平均値に差はないと仮説したときに、観測によって得られたデータは、何％の確率で偶然に得られるのか？その％の数値を調べ、ｐ値と比べて小さな値であれば、偶然ではないと判断するためのものです。
上記したように、たしかに、平均値の差が大きいとｐ値は小さくなりやすいですが、標準偏差と標本サイズもｐ値に影響を与えますし、ｐ値は「ｐ値が小さいから、平均値の差が大きいぞ」と判断するためにつかうものではないのです。